Росатом, Министерство обороны, Роспром, Росморречфлот, Рособразование, Роснаука, Росэнерго, Рострой (в части, касающейся обращения с радиоактивными отходами низкой и средней активности и источниками ионизирующего излучения, не относящимися к ядерному, энергетическому и военному комплексам страны), Росздравнадзор и Роснедра России наделяются полномочиями по осуществлению государственного управления использованием атомной энергии в отношении подведомственных организаций, а также организаций, координацию и регулирование деятельности которых они осуществляют.

Указанным федеральным органам исполнительной власти предоставляется право заключать соглашения о взаимодействии с не подведомственными им организациями в целях осуществления функций по управлению использованием атомной энергии в отношении этих организаций. Такая организация может заключить соглашение о взаимодействии только с одним из федеральных органов исполнительной власти, осуществляющих государственное управление использованием атомной энергии.

На МЧС, Ростехнадзор, Роспотребнадзор и ФМБА России возлагается осуществление государственного регулирования безопасности при использовании атомной энергии.