Указанный в названии контроль осуществляется Минфином России совместно с Минэкономразвития России. Предварительный контроль направлен на предупреждение нарушений таможенными органами положений нормативных правовых актов по вопросам исчисления и взимания таможенных платежей, определения таможенной стоимости товаров. Основной контроль выражается в проверке соответствия действий таможенных органов указанным положениям нормативных правовых актов.

В отношении должностных лиц, допустивших неисполнение либо ненадлежащее исполнение нормативных правовых актов по вопросам исчисления и взимания таможенных платежей, определения таможенной стоимости товаров, проводится служебная проверка с целью привлечения виновных лиц к дисциплинарной ответственности.