Минэкономразвития России (организатор конкурса) принимает решение о проведении конкурса, утверждает его результаты и конкурсную документацию, а также организует конкурс по каждому типу особой экономической зоны отдельно. Данное министерство осуществляет прием заявок на создание особых экономических зон от высших исполнительных органов государственной власти субъектов РФ, поданных совместно с исполнительно-распорядительными органами муниципальных образований (претендентами). Министерство также определяет официальное печатное издание для опубликования информации о проведении конкурса и официальный сайт в сети Интернет для размещения информации о проведении такого конкурса.

Отбор заявок на создание особых экономических зон одного типа осуществляет РосОЭЗ (Федеральное агентство по управлению особыми экономическими зонами).

Для осуществления конкурсных процедур образуются комиссии, которые осуществляют оценку и сопоставление заявок с целью выявления тех заявок, на основании которых будут представлены предложения о создании особых экономических зон. Срок оценки и сопоставления таких заявок не может превышать 30 дней с даты подписания протокола об итогах приема заявок.