В зависимости от тематической принадлежности заявки на секретные изобретения, которые относятся к средствам вооружения и военной техники, подаются в Министерство обороны Российской Федерации, Министерство здравоохранения и социального развития Российской Федерации, Федеральное агентство по атомной энергии или в Федеральное агентство по промышленности, заявки на секретные изобретения, которые относятся к методам и средствам в области разведывательной, контрразведывательной и оперативно-разыскной деятельности, - в Министерство внутренних дел Российской Федерации или в Федеральную службу безопасности Российской Федерации.