Федеральное агентство воздушного транспорта является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по оказанию государственных услуг, управлению государственным имуществом в сфере воздушного транспорта (гражданской авиации) и гражданской части Единой системы организации воздушного движения РФ, в том числе в области обеспечения ее функционирования, развития и модернизации.

     Федеральное агентство осуществляет полномочия авиационных властей в области гражданской авиации в части выполнения функций по оказанию государственных услуг и управлению государственным имуществом при исполнении обязательств, вытекающих из международных договоров РФ. Федеральное агентство временно осуществляет лицензирование деятельности по перевозке воздушным транспортом пассажиров и перевозке воздушным транспортом грузов.

     Федеральное агентство находится в ведении Министерства транспорта.