Федеральное агентство по рыболовству является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по оказанию государственных услуг, управлению государственным имуществом в сфере рыбохозяйственной деятельности, рационального использования, изучения, сохранения и воспроизводства водных биологических ресурсов и среды их обитания. Федеральное агентство находится в ведении Министерства сельского хозяйства.