Федеральное агентство морского и речного транспорта является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по оказанию государственных услуг, по управлению государственным имуществом, а также правоприменительные функции в сфере морского и речного транспорта, в том числе в отношении морских рыбных портов в целях развития транспортного комплекса. Федеральное агентство находится в ведении Министерства транспорта и связи РФ.