Федеральное агентство по рыболовству является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по оказанию государственных услуг в сфере рыбохозяйственной деятельности, по управлению государственным имуществом в подведомственных предприятиях и учреждениях, а также правоприменительные функции в области рационального использования, изучения, сохранения и воспроизводства водных биологических ресурсов и среды их обитания. Федеральное агентство находится в ведении Министерства сельского хозяйства РФ.