ФНС России разъяснила, что у застройщика, являющегося государственным унитарным предприятием (ФГУП) нет оснований для применения вычетов сумм НДС, предъявленных поставщиками и подрядными организациями. Речь идет о случае, когда средства выделяются из федерального бюджета налогоплательщику на конкретный объект, который после строительства (реконструкции) будет закреплен собственником (Российской Федерацией) на праве хозяйственного ведения за этим налогоплательщиком с последующим увеличением уставного фонда (письмо ФНС России от 7 декабря 2016 г. № СД-4-3/23381@ "О направлении ответа Минфина России").

В рассмотренном случае ФГУП выполняет функции застройщика. В процессе работы оно оплачивает услуги подрядных организаций по строительно-монтажным работам. Услуги выставляются с НДС. При этом, вычеты произвести нельзя, так как ФГУП осуществляет закупки на бюджетные средства. В данном случае государство не является плательщиком НДС (п. 1 ст. 143 Налогового кодекса). А оплата предъявленных поставщиками сумм НДС за счет выделенных средств федерального бюджета не является для ФГУП реальной затратой, что в свою очередь влечет невозможность принятия к вычету сумм НДС, оплаченных подрядным организациям в стоимости выполненных работ. Такая позиция закреплена в судебной практике по данному вопросу (Определение ВАС РФ от 26 мая 2014 г. № ВАС-3885/14, Определение ВАС РФ от 22 мая 2014 г. № ВАС-5653/14).

При этом судами отмечается, что увеличение уставного капитала налогоплательщика производится не за счет оплаты уставного капитала денежными средствами, выделенными из федерального бюджета, а за счет полученного в результате деятельности ФГУП имущества.