УПД может одновременно использоваться в целях НДС и налога на прибыль

Письмо Федеральной налоговой службы от 27 мая 2015 г. № ГД-4-3/8963 "О рассмотрении обращения"

Форма универсального передаточного документа (УПД) основана на форме счета-фактуры и объединяет в себе обязательные реквизиты первичных учетных документов и информацию счетов-фактур.

Заполнение всех реквизитов УПД позволяет использовать его одновременно в целях исчисления налога на прибыль и расчетов с бюджетом по НДС.

Форма УПД носит рекомендательный характер. Она не ограничивает права хозяйствующих субъектов на использование иных форм первичных учетных документов (из действовавших ранее альбомов унифицированных форм или самостоятельно разработанных) и формы счета-фактуры, в т. ч. в рамках одного договора.

Использование товарной накладной для приема-передачи одного партии товара и УПД для оформления операций по реализации другой партии товара в рамках одного договора поставки не является препятствием для учета соответствующих затрат в целях налогообложения прибыли. Использование счета-фактуры и УПД со статусом "1" в рамках одного договора поставки также не мешает принятию сумм НДС к вычету.