Если организация вносит физлицу плату за аренду у него помещения, то она должна исполнять обязанности налогового агента в отношении таких доходов

Письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 27 февраля 2013 г. N 03-04-06/5601 О признании налоговым агентом при выплате физическому лицу дохода в виде арендной платы по договору аренды нежилого помещения

Российская организация, которая вносит физлицу плату за аренду у него помещения, признается налоговым агентом в отношении таких доходов. Соответственно, она должна рассчитывать, удерживать НДФЛ и перечислять его в бюджет.