Если в период хранения в порту товары перешли из собственности первоначального импортера к другому лицу, то это не влияет на применение нулевой ставки НДС
Нулевая ставка НДС распространяется в т. ч. на работы (услуги) по перевалке и хранению некоторых товаров, выполняемые (оказываемые) российскими юрлицами (кроме организаций трубопроводного транспорта) в морских, речных портах. Речь идет о товарах, перемещаемых через границу России, в сопроводительных документах которых указан пункт отправления и (или) назначения, находящийся за границей.
Чтобы подтвердить обоснованность нулевой ставки НДС по таким работам (услугам), выполненным (оказанным) в отношении импортированных товаров, в налоговые органы подаются определенные документы. Это контракт на выполнение работ (оказание услуг) или его копия. Копии документов, подтверждающих ввоз товаров в Россию и на иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией.
НК РФ не предусматривает исключений в отношении товаров, право собственности на которые в период их хранения в порту перешло от первоначального импортера к другому лицу.
Поэтому операции по реализации указанных услуг облагаются НДС по нулевой ставке при условии представления в налоговые органы подтверждающих документов.