Налогоплательщики НДС обязаны вести раздельный учет сумм налога по приобретенным товарам (работам, услугам), имущественным правам в случае их использования для осуществления операций, подлежащих и освобождаемых от налогообложения (п. 4 ст. 170 НК РФ). Налоговики разъяснили некоторые вопросы, касающиеся ведения такого раздельного учета (письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина России от 4 апреля 2016 г. № 03-07-11/18785 "О ведении раздельного учета в целях НДС при осуществлении как облагаемых НДС, так и освобождаемых от налогообложения операций").

Так, чиновники отметили, что правило ведения раздельного учета сумм НДС касается и тех случаев, когда налогоплательщик осуществляет одновременно как облагаемые, так и не облагаемые операции. В том числе и операции, не признаваемые объектом налогообложения. Такой вывод содержится в Постановлении Президиума ВАС РФ от 5 июля 2011 г. № 1407/11.

Не вести раздельный учет допускается только, когда доля расходов по необлагаемым операциям незначительна. А именно, менее 5% совокупных затрат на приобретение, производство и (или) реализацию товаров (работ, услуг), имущественных прав.

Опираясь на приведенное судебное решение, специалисты Минфина России сделали вывод о том, что при определении общих затрат следует учитываться в том числе и расходы, относящиеся к операциям, не признаваемым объектом налогообложения этим налогом.