Организации были предоставлены из федерального бюджета субсидии на финансовое обеспечение затрат, необходимых для создания объектов инфраструктуры в рамках реализации инвестиционного проекта. Налоговики разъяснили, что в этом случае НДС, ранее предъявленный к вычету при приобретение за счет этих средств товаров (работ, услуг), в том числе основных средств и нематериальных активов, имущественных прав, подлежит восстановлению (письмо ФНС России от 14 апреля 2016 г. № СД-4-3/6551@ "О рассмотрении обращения ООО").

Такой вывод основывается на положениях подп. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ. Там указано, что в случае, если субсидии из федерального бюджета выделяются на возмещение затрат, связанных с оплатой приобретенных товаров (работ, услуг), с учетом НДС, а также на возмещение затрат по уплате этого налога при ввозе товаров на территорию России, суммы налога, принятые к вычету налогоплательщиком по товарам (работам, услугам), в том числе по основным средствам и нематериальным активам, имущественным правам, подлежат восстановлению.

Специалисты налогового ведомства также разъяснили, что при получении налогоплательщиком частичной компенсации затрат на приобретение товаров (работ, услуг) за счет субсидий, выделенных из федерального бюджета, НДС восстанавливается только в части полученных субсидий.

Восстановить суммы налога нужно в том налоговом периоде, в котором получены бюджетные субсидии. Отметим также, что восстановленный таким образом налог не включается в стоимость товаров (работ, услуг), а учитываются в составе прочих расходов (ст. 264 НК РФ).