Приказом Федерального агентства по рыболовству от 12 мая 2010 г. № 445, зарегистрированным в Минюсте России 17 июня под № 17569, утвержден порядок организации контроля за осуществлением органами госвласти субъекта переданных им Российской Федерацией полномочий в области организации, регулирования и охраны водных биологических ресурсов.

Контроль осуществляется непосредственно Росрыболовством и его территориальными органами в форме выездных и внеплановых проверок, результат которых оформляется актом проверки. Срок проведения проверки не должен превышать 20 рабочих дней. В случае выявления нарушений должностные лица уполномоченных органов обязаны выдать предписание об устранении нарушений и принять меры по контролю за устранением выявленных нарушений.