Приказом от 15 декабря 2009 г. № 09-58/пз-н Федеральная служба по финансовым рынкам утвердила Положение о порядке погашения ипотечных сертификатов участия. Сертификат представляет собой именную ценную бумагу, удостоверяющую долю ее владельца в праве общей собственности на ипотечное покрытие, право требовать от выдавшего ее лица надлежащего доверительного управления ипотечным покрытием, получать денежные средства во исполнение обязательств, требования по которым составляют ипотечное покрытие, а также иные права.

Согласно новому приказу погашение возможно после истечения срока действия договора доверительного управления ипотечным покрытием и выплаты денег за счет платежей, полученных по обязательствам, требования по которым составляют ипотечное покрытие.
Расходные записи вносятся по лицевым счетам в реестр владельцев сертификатов и по счетам депо.

Порядком определена схема расчета суммы выплат владельцам сертификатов при их погашении. Учитываются финансы, составляющие ипотечное покрытие на дату истечения срока действия договора, и средства, полученные от уступки требований, по которым не исполнены обязательства, и (или) ипотечных сертификатов участия, оставшихся в составе ипотечного покрытия по истечении срока действия договора.

Деньги выплачиваются после удержания вознаграждения управляющему, специализированному депозитарию и регистратору, а также расходов по доверительному управлению пропорционально количеству принадлежащих сертификатов в порядке и сроки, определенные правилами доверительного управления ипотечным покрытием.