Порядок работы федеральных государственных учреждений медико-социальной экспертизы определяло правительство. Отныне этим занимается Минздравсоцразвития.

Согласно Приказу Министерства здравоохранения и социального развития РФ от 17 ноября 2009 г. № 906н в систему учреждений медико-социальной экспертизы входят Федеральное бюро медико-социальной экспертизы, главные бюро медико-социальной экспертизы по соответствующему региону, главное бюро, осуществляющее медико-социальную экспертизу работников организаций отдельных отраслей промышленности с особо опасными условиями труда и населения отдельных территорий, и филиалы - бюро медико-социальной экспертизы в городах и районах.

Помимо основных функций (определение факта наличия инвалидности, группы, причины, срока и времени наступления инвалидности) приказом закреплено дополнительное право бюро определять нуждаемость пострадавших в результате несчастных случаев на производстве и профзаболеваний в медицинской, социальной и профессиональной реабилитации, разрабатывать и корректировать программы реабилитации.

Приказ применяется с момента признания утратившим силу порядка организации и деятельности федеральных государственных учреждений медико-социальной экспертизы, утвержденного Правительством РФ.