31 марта 2009 г. по инициативе Западно-Сибирской транспортной прокуратуры в отношении генерального директора ОАО "Томское производственное авиационное предприятие" Западно-Сибирским следственным управлением на транспорте при прокуратуре Российской Федерации возбуждено уголовное дело по ч. 1 ст. 195 УК РФ (неправомерные действия при банкротстве).

С августа 2005 г. по апрель 2006 г. генеральным директором данного предприятия было учреждено пять дочерних ООО, уставный капитал которых был сформирован за счет имущества авиационного предприятия.

При этом в уставный капитал одного из вновь образованных обществ (ООО Авиакомпания "ТомскАвиа") в нарушение закона передана значительная часть наиболее ценных активов ОАО "Томское производственное авиационное предприятие", в том числе весь авиапарк общества - 57 самолетов и другая воздушная техника.

Отчуждение ценного имущества авиапредприятия усугубило его и без того неблагополучное финансовое состояние и сделало невозможным удовлетворение требований кредиторов.