Установлено, что руководством управления не обеспечивается должный контроль в сфере охраны водных биоресурсов на водоемах Урала и континентальном шельфе Карского моря. При этом должностные лица управления и его территориальных отделов зачастую сами совершали правонарушения.

Так, старший специалист отдела государственного контроля по Челябинской области занимался браконьерским ловом рыбы на водоемах Южного Урала. Несмотря на то, что чиновник был задержан с поличным при попытке вывоза более 100 кг незаконно выловленной рыбы, он не был привлечен к ответственности.

В сентябре 2008 г. руководством управления учреждению "Нижнеобьрыбвод" ХМАО было незаконно выдано разрешение на промышленный вылов 4 т рыбы в Нижневартовском районе Югры на участке, не являющимся рыбопромысловым.

По указанным фактам на основании материалов прокурорской проверки возбуждены уголовные дела, ведется расследование.

Кроме того, в ходе проверки в управлении выявлены многочисленные нарушения законодательства о государственной службе. С нарушением установленного законом порядка на различные должности в управлении был назначен 81 сотрудник, что составляет более половины всего личного состава учреждения.

Заместитель Генерального прокурора РФ в Уральском федеральном округе Ю. Золотов внес представление руководителю Федерального агентства по рыболовству А. Крайнему, в котором поставил вопрос о привлечении к ответственности руководителя Нижнеобского территориального управления В. Сидоренко и других должностных лиц.