Установлено, что департаментом не в полной мере реализуются функции контроля по осуществлению органами государственной власти субъектов Центрального федерального округа полномочий в области использования, охраны и защиты лесного фонда. Также должным образом не осуществляется контроль за исчислением, полнотой и своевременностью уплаты платежей за использование лесов, взысканием пеней и штрафов за несвоевременное внесение указанных платежей. 

Кроме того, по состоянию на 1 января текущего года на землях лесного фонда на территории Центрального федерального округа выявлено более 3 тысяч фактов незаконной вырубки леса, ущерб от которых составил свыше 1 млрд. 41 млн. рублей. В свою очередь государству было возмещено немногим более 42 млн. рублей. Вместе с тем мер по компенсации причиненного государству ущерба Департаментом не предпринималось. 

Органами прокуратуры выявлено несоблюдение требований Федерального закона «О государственной гражданской службе Российской Федерации» в части замещения должностей гражданской службы по конкурсу. 

Вопреки требованиям законодательства в департаменте не проводилась аттестация государственных гражданских служащих. Кроме того, в департаменте не сформирована аттестационная комиссия, не принято мер по организации процедуры аттестации представителем нанимателя, а также не создан кадровый резерв гражданской службы. 

Также в департаменте не присваивались в установленные законом сроки классные чины. В связи с этим гражданские служащие с 2007 года по настоящее время лишены получения предусмотренных законом ежемесячных окладов за классный чин. 

Распространены многочисленные факты нарушений трудового законодательства. В частности, не соблюдались требования о запрете сверхурочных работ свыше 4 часов в течение двух дней подряд и 120 часов в год.

На незаконные приказы, которые обязывали работников заключать срочные служебные контракты, органами прокуратуры принесены протесты.