На работу таможни негативно повлияла противоправная деятельность фирм-однодневок. К такому выводу пришла Коллегия Счетной палаты РФ по результатам проверки эффективности действующего в 2009-2010 годах и истекшем периоде 2011 года таможенного законодательства Российской Федерации и нормативной правовой базы в части контроля заявленной участниками внешнеэкономической деятельности таможенной стоимости ввозимых электрических машин, оборудования и их частей.

На заседании коллегии отмечалось, что использование фирм-однодневок во внешнеэкономической деятельности лишает возможности взыскания таможенными органами платежей, поскольку средства на счетах данных фирм в банках отсутствуют, у фирм нет имущества, а ряд организаций ликвидируются и исключаются из ЕГРЮЛ.

Судебные органы не всегда рассматривают различие цены сделки и имеющейся в распоряжении таможенного органа ценовой информации как признак недостоверности заявленных сведений о таможенной стоимости, в результате чего ряд оспариваемых участниками ВЭД решений таможенных органов по таможенной стоимости товаров рассмотрены судебными органами в пользу участников ВЭД.