Компания и партнеры Компания ГАРАНТ Пресс-центр "Гарант" в СМИ Сложные вопросы бухгалтерского учета в некоммерческом партнерстве

Сложные вопросы бухгалтерского учета в некоммерческом партнерстве

П. Ерин,
В. Горностаев,
К. Завьялов,
С. Родюшкин,
Е. Титова
эксперты службы
правового консалтинга ГАРАНТ

Аннотация
В статье рассмотрены сложные вопросы бухгалтерского учета в некоммерческом партнерстве: исправления в бухгалтерские записи, порядок расчета чистых активов и порядок представления налоговой декларации по месту нахождения филиала.

Организация "Б" является некоммерческим партнерством. Согласно действующему "Положению об уплате членских взносов" члены некоммерческого партнерства должны уплачивать ежегодные членские взносы за календарный год до 30 июня текущего года. В начале января бухгалтер некоммерческого партнерства "Б" рассчитал размер членских взносов для организаций - членов некоммерческого партнерства и отразил в бухгалтерском учете начисление членских взносов.

Организация "А" является членом некоммерческого партнерства "Б" с 2010 года. Организация "А" взносы за 2011 год не уплатила, в августе 2011 года она написала письмо-заявление о выходе из некоммерческого партнерства с 4 августа 2011 года и, как стало известно организации "Б", не собирается погашать свою задолженность по уплате взносов.

Каким образом можно внести исправления в бухгалтерские записи? Возможно ли возникновение негативных налоговых последствий у некоммерческого партнерства "Б" в этой связи?

Рассмотрев вопрос, мы пришли к следующему выводу:
Мы полагаем, что, отразив в начале января в бухгалтерском учете начисление членских взносов организаций - членов партнерства, бухгалтер НП "Б" совершил методологическую ошибку.
Целевые средства, такие как членские взносы и иные обязательные и добровольные платежи, признаются в бухгалтерском учете на дату поступления денежных средств или иного имущества.
Лишь в том случае, если в соответствии с уставом организации (или иным равным по значению документом) у некоммерческого партнерства "Б" возникает право требовать от своих членов уплаты членских взносов, данная организация, по нашему мнению, может отразить в своем учете дебиторскую задолженность на сумму возникших прав, предварительно закрепив такой порядок учета целевых поступлений в учетной политике.
При этом считаем, что негативных налоговых последствий у организации в рассматриваемой ситуации не возникает.

Обоснование вывода:
Согласно п. 1 ст. 8 Федерального закона от 12.01.1996 N 7-ФЗ "О некоммерческих организациях" (далее - Закон N 7-ФЗ) некоммерческим партнерством признается основанная на членстве некоммерческая организация, учрежденная гражданами и (или) юридическими лицами для содействия ее членам в осуществлении деятельности, направленной на достижение, в частности, социальных, благотворительных, культурных, образовательных, научных и управленческих целей.
В силу п. 1 ст. 26 Закона N 7-ФЗ источниками формирования имущества некоммерческой организации являются, в частности, регулярные и единовременные поступления от учредителей (участников, членов), добровольные имущественные взносы и пожертвования.

Некоммерческие организации ведут бухгалтерский учет в общеустановленном порядке (п. 1 ст. 4 Федерального закона от 21.11.1996 N 129-ФЗ "О бухгалтерском учете", п. 1 ст. 32 Закона N 7-ФЗ).

Однако в настоящее время бухгалтерский учет средств целевого финансирования регламентируется только Инструкцией по применению плана счетов бухгалтерского учета финансово-хозяйственной деятельности организаций, утвержденной приказом Минфина России от 31.10.2000 N 94н (далее - Инструкция).

Так, в соответствии с Инструкцией счет 86 "Целевое финансирование" предназначен для обобщения информации о движении средств, предназначенных для осуществления мероприятий целевого назначения, средств, поступивших от других организаций и лиц, бюджетных средств и другое.

По кредиту счета 86 "Целевое финансирование" в корреспонденции со счетом 76 "Расчеты с разными дебиторами и кредиторами" отражаются средства целевого назначения, полученные в качестве источников финансирования тех или иных мероприятий.

Поэтому в бухгалтерском учете некоммерческого партнерства в отношении членских взносов делаются следующие записи:
Дебет 50, 51 Кредит 76
- отражено поступление целевых средств (членские взносы);
Дебет 76 Кредит 86, субсчет "Членские взносы"
- сумма целевых средств отражена в составе целевого финансирования.

И только в отношении бюджетных средств, о которых правила формирования в бухгалтерском учете информации установлены ПБУ 13/2000 "Учет государственной помощи" (далее - ПБУ 13/2000), предусмотрена возможность отражать их в учете как возникновение целевого финансирования и задолженности по этим средствам. В соответствии с этим по мере фактического получения средств соответствующие суммы уменьшают задолженность и увеличивают счета учета денежных средств, капитальных вложений и т.п. (абзац первый п. 7 ПБУ 13/2000).

Однако для такого отражения данные средства должны удовлетворять определенным требованиям, а именно (п. 5 ПБУ 13/2000):
- имеется уверенность, что условия предоставления этих средств организацией будут выполнены;
- имеется уверенность, что указанные средства будут получены.

Во всех иных случаях бюджетные средства признаются в бухгалтерском учете по мере фактического получения ресурсов, то есть с возникновением целевого финансирования увеличиваются счета учета денежных средств, капитальных вложений и т.п. (абзац второй п. 7 ПБУ 13/2000).

Мы полагаем, что отражать в учете возникновение целевого финансирования и задолженности по этим средствам правомерно не только в отношении бюджетных средств, но и в отношении прочих средств, предназначенных для осуществления мероприятий целевого назначения, ожидаемых к поступлениям от других организаций и лиц.

Косвенным подтверждением такого отражения целевых средств в учете можно считать указания Минфина России об особенностях формирования показателей бухгалтерского баланса некоммерческой организации, согласно которым при принятии некоммерческой организацией решения о раскрытии информации о задолженности по членским взносам или иным ожидаемым поступлениям, суммы начисленной задолженности отражаются по группе статей "Дебиторская задолженность" (смотрите п. 15 Информации Минфина России от 17.01.2012 "Об особенностях формирования бухгалтерской отчетности некоммерческих организаций (ПЗ-1/2011)").

Однако и в этом случае для такого отражения целевых средств в учете у некоммерческого партнерства должна быть уверенность, что условия предоставления этих средств организацией будут выполнены и что указанные средства будут получены.

В отношении рассматриваемого случая такая уверенность, по нашему мнению, может иметь место в том, например, случае, если уставом организации (или иным равным по значению документом) за членами некоммерческого партнерства закреплена обязанность уплаты членских взносов за текущий календарный год в полном объеме вне зависимости от времени их фактического членства в партнерстве в этом году.

При отсутствии такой обязанности и в силу права члена некоммерческого партнерства по своему усмотрению выходить из некоммерческого партнерства (п. 3 ст. 8 Закона N 7-ФЗ) некоммерческое партнерство вправе взыскать с бывшего члена только задолженность по оплате членских взносов, рассчитанную пропорционально периоду времени, в течение тот являлся членом партнерства (смотрите постановление Президиума ВАС РФ от 04.10.2011 N 7073/11, постановление ФАС Московского округа от 15.03.2012 N Ф05-1724/12 по делу N А40-75542/2011, постановление Девятого арбитражного апелляционного суда от 14.02.2012 N 09АП-34107/11).

В условиях вопроса не отражена безусловная обязанность членов некоммерческого партнерства платить членский взносы за календарный год вне зависимости от времени их фактического членства в партнерстве в наступившем году. Поэтому мы полагаем, что, отразив в начале января в бухгалтерском учете начисление членских взносов организаций-членов партнерства, бухгалтер НП "Б" совершил методологическую ошибку.

Целевые средства, такие как членские взносы и иные обязательные и добровольные платежи, признаются в бухгалтерском учете и отражаются по кредиту счета 86 "Целевое финансирование" на дату поступления денежных средств или иного имущества.

Лишь в том случае, если в соответствии с уставом организации (или иным равным по значению документом) у некоммерческого партнерства "Б" возникает право требовать от своих членов уплаты членских взносов, данная организация, по нашему мнению, может отразить в своем учете дебиторскую задолженность не сумму возникших прав. Однако такой порядок учета целевых поступлений ей следует закрепить в своей учетной политике.

Напомним, что выявленные ошибки в учете, включая методологические, организация может устранить исправительными проводками в соответствии с ПБУ 22/2010 "Исправление ошибок в бухгалтерском учете и отчетности".

В части налоговых последствий неуплаты членских взносов сообщаем.

Членские взносы, полученные некоммерческим партнерством на содержание и ведение уставной деятельности, являются целевыми поступлениями и на основании пп. 1 п. 2 ст. 251 НК РФ не учитываются при определении налоговой базы по налогу на прибыль (смотрите письмо УФНС России по г. Москве от 28.12.2005 N 20-12/97434).

При этом, по мнению судей (смотрите, например, решение Арбитражного суда Свердловской области от 05.06.2008 N А60-3286/2008-С6), для применения п. 2 ст. 251 НК РФ необходимо соблюдение следующих условий:
- поступление средств из бюджета либо пожертвований;
- расходование средств в соответствии с определенными целями;
- раздельный учет доходов (расходов), полученных (произведенных) в рамках целевых поступлений;
- безвозмездный характер поступивших средств.

При неуплате членских взносов некоммерческая организация доход в смысле ст. 41 НК РФ не получает. В этой связи считаем, что и негативных налоговых последствий у нее не возникает.
Каков порядок расчета чистых активов некоммерческого партнерства исходя из данных бухгалтерского баланса?

В первую очередь отметим, что порядок оценки стоимости чистых активов в настоящее время установлен только для акционерных обществ (приказ Минфина РФ и ФКЦБ России от 29.01.2003 N 10н, 03-6/пз (далее - Приказ N 10н, 03-6/пз).

Учитывая, что порядок оценки стоимости чистых активов для некоммерческих организаций законодательством не предусмотрен, считаем возможным в этом случае руководствоваться Порядком оценки стоимости чистых активов акционерных обществ (далее - Порядок), утвержденным Приказом N 10н, 03-6/пз, с учетом особенностей формирования показателей бухгалтерской отчетности для некоммерческих организаций.

Принципиальная возможность использования этого Порядка для оценки стоимости чистых активов не только акционерных обществ, но и юридических лиц других правовых форм косвенно следует из разъяснений Минфина России, который неоднократно подтверждал такую возможность в отношении обществ с ограниченной ответственностью (смотрите, например, письма от 13.05.2010 N 03-03-06/1/329, от 29.10.2007 N 03-03-06/1/737, от 26.01.2007 N 03-03-06/1/39).

Так, согласно п.п. 5 и 6 Порядка расчета оценка стоимости чистых активов производится АО ежеквартально и в конце года на соответствующие отчетные даты, а информация о стоимости чистых активов раскрывается в промежуточной и годовой бухгалтерской отчетности.

Начиная с 2011 года отчетность представляется по формам, утвержденным приказом Минфина России от 02.07.2010 N 66н: в отчете об изменениях капитала предусмотрен специальный раздел 3 "Чистые активы", который содержит всего одну строку "Чистые активы" (код 3600), данные по которой должны быть представлены по состоянию на три даты: на 31 декабря отчетного года, предыдущего года и года, предшествующего предыдущему (в старой форме N 3 сведения о чистых активах приводились в справке лишь по состоянию на начало и конец отчетного года). Заметим, что такой отчет является составной частью годовой отчетности и не представляется в составе промежуточной отчетности (п. 49 ПБУ 4/99 "Бухгалтерская отчетность организации"). Поэтому, чтобы выполнить требования Порядка о раскрытии стоимости чистых активов в промежуточной бухгалтерской отчетности, организация может приводить данную информацию непосредственно в пояснительной записке к промежуточной отчетности.

Заметим, что далеко не для всех видов некоммерческих организаций регулирующими их деятельность федеральными законами установлена обязанность по определению стоимости чистых активов. Наступление каких-либо последствий (юридических или экономических) в таких НКО от стоимости чистых активов не зависит. Указанные НКО в этой строке проставят прочерки, а при самостоятельной разработке форм бухгалтерской отчетности им целесообразно ее вообще исключить.

Согласно п. 1 Порядка под стоимостью чистых активов понимается величина, определяемая путем вычитания из суммы активов, принимаемых к расчету, суммы его пассивов, принимаемых к расчету.
Для оценки стоимости чистых активов составляется расчет по данным бухгалтерской отчетности (п. 2 Порядка).

В силу п. 3 того же Порядка в состав активов, принимаемых к расчету, включаются: внеоборотные активы, отражаемые в первом разделе бухгалтерского баланса; оборотные активы, отражаемые во втором разделе бухгалтерского баланса.

Пунктом 4 Порядка определено, что в состав пассивов, принимаемых к расчету, включаются:
- долгосрочные обязательства по займам и кредитам и прочие долгосрочные обязательства;
- краткосрочные обязательства по займам и кредитам;
- кредиторская задолженность;
- задолженность участникам (учредителям) по выплате доходов;
- резервы предстоящих расходов;
- прочие краткосрочные обязательства.

Поскольку некоммерческое партнерство не распределяет полученную прибыль между членами (п. 1 ст. 2 Федерального закона от 12.01.1996 N 7-ФЗ "О некоммерческих организациях"), задолженность участникам (учредителям) по выплате доходов у партнерства не возникает. Оценочные обязательства, отражаемые на счете 96 "Резервы предстоящих расходов", включаются в группу статей "Оценочные обязательства" (п. 8 Положения по бухгалтерскому учету "Оценочные обязательства, условные обязательства и условные активы" (ПБУ 8/2010), п. 18 информации Минфина РФ от 17.01.2012 "Об особенностях формирования бухгалтерской отчетности некоммерческих организаций (ПЗ-1/2011)").
Исходя из вышеизложенного полагаем, что стоимость чистых активов некоммерческого партнерства следует определять как разницу между суммой итоговых показателей разделов I и II бухгалтерского баланса и суммой итоговых показателей разделов IV и V бухгалтерского баланса, уменьшенной на показатель строки 1530 "Доходы будущих периодов". Соответствующий расчет может быть выражен формулой:

Ст.ЧА = (ИрI + ИрII) - (ИрIV + ИрV - Дбп),

где Ст.Ча - стоимость чистых активов,
ИрI (ИрII, ИрIV, ИрV) - итог раздела I (II, IV, V) бухгалтерского баланса,
Дбп - доходы будущих периодов.
Таким образом, в чистые активы некоммерческого партнерства фактически войдут показатели раздела III "Целевое финансирование" бухгалтерского баланса (п. 6 примечаний к приказу Минфина РФ от 02.07.2010 N 66н) и сумма доходов будущих периодов, отраженная по строке 1530 баланса.

Саморегулируемая организация (некоммерческое партнерство) получает доходы как учитываемые, так и не учитываемые для целей налогообложения. К первым относится доход от размещения средств компенсационного фонда на депозитном счете, ко вторым - членские, вступительные взносы и взносы в компенсационный фонд. Организация уплачивает налог на прибыль и представляет налоговые декларации по месту своего нахождения. У организации есть обособленное подразделение (филиал), которое в течение налогового периода получало только доходы, не учитываемые для целей налогообложения.
Обязана ли организация представить налоговую декларацию по месту нахождения филиала (г. Уфа)? Если обязана, то с какими показателями?

Рассмотрев вопрос, мы пришли к следующему выводу:
В рассматриваемой ситуации организация обязана представлять налоговую декларацию по налогу на прибыль по итогам каждого отчетного (налогового) периода и по месту нахождения головного подразделения, и по месту нахождения филиала.

Налоговая декларация, представляемая в налоговый орган по месту нахождения обособленного подразделения, состоит из:
- Титульного листа (Лист 01);
- подраздела 1.1 Раздела 1 и подраздела 1.2 Раздела 1 (при уплате в течение отчетных (налогового) периодов ежемесячных авансовых платежей);
- расчета суммы налога (Приложение N 5 к Листу 02), подлежащего уплате по месту нахождения обособленного подразделения.
Обоснование вывода:
В силу пп. 4 п. 1 ст. 23 НК РФ и п. 1 ст. 80 НК РФ налогоплательщик обязан представлять в налоговый орган по месту учета налоговые декларации (расчеты) по каждому налогу, подлежащему уплате, в соответствии с применяемой системой налогообложения.
При этом абзацем 1 п. 1 ст. 80 НК РФ определено, что налоговая декларация представляет собой заявление налогоплательщика об объектах налогообложения, о полученных доходах и произведенных расходах, об источниках доходов, о налоговой базе, налоговых льготах, об исчисленной сумме налога и (или) о других данных, служащих основанием для исчисления и уплаты налога.

Таким образом, в силу указанных норм обязанность налогоплательщика представлять налоговую декларацию по тому или иному виду налога обусловлена не наличием суммы такого налога к уплате, а положениями закона об этом виде налога, которыми соответствующее лицо отнесено к числу плательщиков данного налога (п. 7 Информационного письма Президиума ВАС РФ от 17.03.2003 N 71).

Следовательно, прежде чем говорить о порядке представления декларации по налогу на прибыль по месту нахождения обособленного подразделения некоммерческой организации, не получающего доходов в связи с отсутствием предпринимательской деятельности, необходимо определиться с порядком исчисления налога в рассматриваемой ситуации.

Некоммерческие организации являются плательщиками налога на прибыль (ст. 246 НК РФ).
Порядок исчисления и уплаты налога на прибыль организаций, имеющих обособленные подразделения, установлен в ст. 288 НК РФ.

Согласно п. 1 ст. 288 НК РФ организации, имеющие обособленные подразделения, исчисление и уплату в федеральный бюджет сумм авансовых платежей по налогу на прибыль, а также сумм налога, исчисленного по итогам налогового периода, производят по месту своего нахождения без распределения указанных сумм по обособленным подразделениям. Следовательно, организация, зарегистрированная в г. Москве и имеющая обособленное подразделение в другом субъекте РФ, уплачивает налог на прибыль (авансовые платежи) в части федерального бюджета в налоговый орган только по месту регистрации организации (в г. Москве).

Уплата авансовых платежей, а также сумм налога на прибыль, подлежащих зачислению в доходную часть бюджетов субъектов РФ и бюджетов муниципальных образований, на основании п. 2 ст. 288 НК РФ, производится организациями как по месту нахождения организации, так и по месту нахождения каждого из ее обособленных подразделений, исходя из доли прибыли, приходящейся на эти обособленные подразделения (письмо Федеральной налоговой службы от 14.04.2010 N 3-2-10/11).
 

При этом не имеет значения, кем получена прибыль (головной организацией или обособленным подразделением).

В связи с этим авансовые платежи и суммы налога на прибыль, подлежащие зачислению в доходную часть бюджетов субъектов РФ, должны уплачиваться:
- и по месту нахождения головной организации;
- и по месту нахождения обособленного подразделения.

Пунктом 1 ст. 289 НК РФ установлено, что налогоплательщики, независимо от наличия у них обязанности по уплате налога и (или) авансовых платежей по налогу на прибыль, особенностей исчисления и уплаты налога, обязаны по истечении каждого отчетного и налогового периода представлять в налоговые органы по месту своего нахождения и месту нахождения каждого обособленного подразделения соответствующие налоговые декларации.

Таким образом, обязанность представлять декларации по налогу на прибыль установлена НК РФ. Это означает, что некоммерческие организации (в том числе и их обособленные подразделения) в соответствии с указанной нормой также обязаны представлять налоговые декларации в налоговые органы, независимо от того, возникает ли у них объект налогообложения, или нет.

При этом п. 2 ст. 289 НК РФ предусматривает, что некоммерческие организации могут представлять налоговую декларацию по упрощенной форме по истечении налогового периода (то есть только по истечении календарного года (п. 1 ст. 285 НК РФ), но только при условии, что у них не возникает обязательства по уплате налога (письма Федеральной налоговой службы от 11.11.2011 N ЕД-4-3/18909@, от 20.05.2011 N АС-4-3/8106@). К таким организациям могут быть отнесены, например, организации, не имевшие в течение налогового периода доходов от реализации товаров (работ, услуг) и внереализационных доходов, а получавшие только целевые поступления, указанные в ст. 251 НК РФ, которые не учитываются при определении налоговой базы (письмо Управления ФНС по г. Москве от 15.05.2005 N 20-12/16361).

Норма, установленная в п. 2 ст. 289 НК РФ, по отношению к п. 1 ст. 289 НК РФ является специальной нормой. Принимая во внимание, что в силу п. 2 определения КС РФ от 05.10.2000 N 199-О специальная норма имеет приоритет над общей, полагаем, что некоммерческая организация вправе представить налоговую декларацию в упрощенной форме только в том случае, если обязательство по уплате налога не возникает по организации в целом, а не в отдельно взятом обособленном подразделении.

В рассматриваемой ситуации, как следует из вопроса, организация получает доходы от размещения средств компенсационного фонда на депозитном счете, которые подлежат учету в целях налогообложения прибыли в составе внереализационных доходов, что автоматически ведет к возникновению обязательства по уплате налога (п. 6 письма Минфина России от 10.08.2010 N 03-03-06/4/75).

Соответственно, у организации по итогам каждого отчетного (налогового) периода возникает необходимость определения налоговой базы и по обособленному подразделению, и по головной организации. Иными словами, по окончании каждого периода прибыль, полученную головной организацией, требуется распределять между головной организацией и обособленным подразделением.

Таким образом, если в состав организации входит обособленное подразделение, то по итогам каждого отчетного (налогового) периода необходимо:
- определить прибыль (налоговую базу) в целом по организации;
- определить долю прибыли (налоговую базу) обособленного подразделения в общей прибыли (налоговой базе) организации (абз. 1 п. 2 ст. 288 НК РФ).
- уплатить авансовые платежи (налог):
в федеральный бюджет - по месту нахождения головного офиса (п. 1 ст. 288 НК РФ);
в бюджет субъекта РФ - по месту нахождения головного офиса и обособленного подразделения (п. 2 ст. 288 НК РФ);
- представить декларацию по налогу на прибыль в налоговые органы по месту нахождения головного офиса и обособленного подразделения (абзац 1 п. 1 ст. 289 НК РФ).

Порядок заполнения налоговой декларации по налогу на прибыль определен в приложении N 3 к приказу ФНС России от 15.12.2010 N ММВ-7-3/730@ (далее - Порядок).

Пунктом 1.4 Порядка предусмотрено, что организация, в состав которой входят обособленные подразделения, по окончании каждого отчетного и налогового периода представляет в налоговый орган по месту своего нахождения декларацию, составленную в целом по организации с распределением прибыли по обособленным подразделениям.

В этом же пункте Порядка указывается, что в налоговый орган по месту нахождения обособленного подразделения организации представляют декларацию, включающую в себя:
- Титульный лист (Лист 01);
- подраздел 1.1 Раздела 1 и подраздел 1.2 Раздела 1 (при уплате в течение отчетных (налогового) периодов ежемесячных авансовых платежей);
- расчет суммы налога (Приложение N 5 к Листу 02), подлежащей уплате по месту нахождения данного обособленного подразделения. Порядок заполнения Приложения N 5 к Листу 02 изложен в Разделе Х Порядка.

Порядок распределения прибыли
Доля прибыли, приходящаяся на обособленное подразделение, исчисляется как средняя арифметическая величина удельного веса среднесписочной численности работников (расходов на оплату труда) и удельного веса остаточной стоимости амортизируемого имущества этого обособленного подразделения, соответственно, в среднесписочной численности работников (расходах на оплату труда) и остаточной стоимости амортизируемого имущества, определенной в соответствии с п. 1 ст. 257 НК РФ, в целом по налогоплательщику.

При этом следует учитывать, что на основании пп. 2 п. 2 ст. 256 НК РФ имущество некоммерческих организаций, полученное в качестве целевых поступлений или приобретенное за счет средств целевых поступлений и используемое для осуществления некоммерческой деятельности, амортизации не подлежит. В этом случае Минфин России рекомендует некоммерческим организациям признавать остаточной стоимостью амортизируемого имущества первоначальную (восстановительную) стоимость таких объектов (письмо Минфина России от 16.07.2008 N 03-03-06/4/48).

Таким образом, расчет доли прибыли, приходящейся на обособленное подразделение, можно представить в виде формулы:
где:
- доля прибыли, приходящаяся на обособленное подразделение;
- налогооблагаемая прибыль в целом по организации;
СЧР - удельный вес среднесписочной численности работников обособленного подразделения в среднесписочной численности работников в целом по организации (вместо этого показателя организация, по своему выбору, может использовать показатель расходов на оплату труда, определив его в своей учетной политике);
- удельный вес остаточной стоимости амортизируемого имущества обособленного подразделения в остаточной стоимости амортизируемого имущества в целом по организации, определенной в соответствии с п. 1 ст. 257 НК РФ.

При этом удельный вес среднесписочной численности работников и удельный вес остаточной стоимости амортизируемого имущества определяются исходя из фактических показателей среднесписочной численности работников и остаточной стоимости основных средств организации и ее обособленных подразделений за отчетный (налоговый) период (абзац 3 п. 2 ст. 288 НК РФ).

Рассмотрим ситуацию на примере:
Для упрощения примера будем считать, что ни на балансе самой организации, ни на балансе обособленного подразделения основные средства не числятся. Расходы на оплату труда в целом по налогоплательщику за полугодие составляют 400 000 рублей, а по обособленному подразделению - 50 000 рублей. Размер прибыли за I квартал 2012 года составил 40 000 рублей.
Распределим долю от общей прибыли в размере 400 000 рублей между обособленным подразделением и головной организацией.

Удельный вес расходов на оплату труда работников обособленного подразделения в расходах на оплату труда в целом по организации:
50 000 руб. : 400 000 руб. = 0,125.
Прибыль, приходящаяся на обособленное подразделение, составит:
40 000 руб. х 0,125 = 5 000 руб.
Так как мы распределяем только налог на прибыль, перечисляемый в бюджет субъекта РФ, то по месту нахождения обособленного подразделения следует уплатить:
5 000 руб. х 18% = 900 руб.
Головная организация по месту своего нахождения должна уплатить:
В федеральный бюджет:
40 000 руб. х 2% = 800 руб.
В бюджет субъекта:
(40 000 руб. - 5 000 руб.) х 18% = 6 300 руб. 

Список литературы
1. Налоговый кодекс РФ (часть вторая): Федеральный закон от 05.08.2000 № 117-ФЗ.
2. Федеральный закон от 12.01.1996 N 7-ФЗ "О некоммерческих организациях".
3. Федеральный закон от 21.11.1996 N 129-ФЗ "О бухгалтерском учете".
4. ПБУ 13/2000 "Учет государственной помощи".
5. Приказ Минфина России от 02.07.2010 N 66н.
6. Приказ Минфина РФ и ФКЦБ России от 29.01.2003 N 10н, 03-6/пз.
7. Письмо Минфина России от 16.07.2008 N 03-03-06/4/48.