Минфин России сообщил, что для ИП, применяющих УСН, не предусмотрена обязанность по выделению НДС в составе цены контракта. Разъяснения касаются участия их в электронном аукционе, но вместе с тем носят универсальный характер и применимы к любому способу проведения закупки (письмо Департамента налоговой и таможенной политики Минфина России от 1 июля 2016 г. № 03-11-11/38624 "Об обязанности индивидуальных предпринимателей, применяющих УСН, по выделению НДС в составе цены контракта при участии в электронном аукционе"). Министерство пояснило свою позицию следующим.

Налоговое законодательство не признает ИП, применяющих УСН, плательщиками НДС. Исключение составляет НДС, который нужно уплатить при ввозе товаров на территорию России и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией (включая суммы налога, подлежащие уплате при завершении действия таможенной процедуры свободной таможенной зоны на территории Особой экономической зоны в Калининградской области). Кроме того, НДС таким плательщикам придется уплатить при осуществлении операций по договору простого товарищества, договору инвестиционного товарищества либо договору доверительного управления имуществом или концессионным соглашением (п. 3 ст. 346.11, ст. 174.1 НК РФ).