Об этом рассказали в налоговой службе (письмо ФНС России от 18 июля 2016 г. № БС-4-11/12881@ "О рассмотрении обращения"). Ведомство напомнило, что излишне удержанная налоговым агентом из дохода налогоплательщика сумма налога должна быть возвращена на основании письменного заявления последнего (п. 1 ст. 231 НК РФ).

При этом возврат налогоплательщику излишне удержанной суммы налога производится налоговым агентом за счет сумм этого налога, подлежащих перечислению в бюджет в счет предстоящих платежей как по указанному налогоплательщику, так и по иным налогоплательщикам, с доходов которых налоговый агент производит удержание такого налога.

Вернуть излишне удержанное нужно в течение трех месяцев со дня  получения налоговым агентом соответствующего заявления налогоплательщика (абз. 3 п. 1 ст. 231 НК РФ). Это касается и тех налогоплательщиков, с которыми трудовые отношения у налоговых агентов уже прекращены (письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина России от 29 декабря 2012 г. № 03-04-05/6-1460).

Налоговики также разъяснили, как стоит отразить возврат излишне удержанного налога в форме 6-НДФЛ. Общая сумма налога, возвращенная налоговым агентом налогоплательщикам нарастающим итогом с начала налогового периода, должна быть отражена по строке 090 (п. 3.3 Порядка заполнения и представления расчета сумм налога на доходы физических лиц, исчисленных и удержанных налоговым агентом по форме 6-НДФЛ).

Добавим, что у налоговых агентов есть обязанность сообщать налогоплательщику о каждом ставшем известным факте излишнего удержания налога и сумме излишне удержанного налога в течение 10 дней со дня обнаружения такого факта (абз. 2 п. 1 ст. 231 НК РФ).