Такую позицию озвучил Минфин России (письмо Департамента налоговой и таможенной политики Минфина России от 1 июня 2016 г. № 03-07-11/31654 "О применении НДС при передаче прав и обязанностей по лицензионному соглашению").

В обоснование своей позиции министерство привело нормы ГК РФ и НК РФ, рассказав в том числе, что нужно принимать в качестве налоговой базы. Так, при передаче имущественных прав налоговая база по НДС определяется с учетом особенностей, установленных ст. 155 НК РФ (п. 1 ст. 153 НК РФ). Но особенности  определения налоговой базы при передаче лицензиатом другому лицу всех прав и обязанностей по договору с лицензиаром не установлены. Поэтому следует руководствоваться следующим правилом: при определении налоговой базы выручка от передачи имущественных прав определяется исходя из всех доходов налогоплательщика, связанных с расчетами по оплате указанных имущественных прав (п. 2 ст. 153 НК РФ).

Что касается вычета по НДС, то Минфин России напомнил: налогоплательщик вправе вычесть НДС, предъявленный продавцом товаров, работ или услуг – но только в случае, если эти товары работы или услуги будут использованы для  осуществления операций, облагаемых НДС.

В рассматриваемой ситуации, подчеркнули чиновники, для осуществления операций, признаваемых объектами обложения НДС, организация приобретает права использования объекта интеллектуальной собственности. При этом права и обязанности по договору, приобретаемые у лицензиата, для осуществления операций, облагаемых этим налогом, не используются.

Именно поэтому, по мнению Минфина России, суммы НДС, предъявленные лицензиатом другому лицу при передаче прав и обязанностей по договору с лицензиаром, вычесть нельзя.