Если компания не ведет раздельный учет "входного" НДС, относящегося к расходам понесенным для проведения не облагаемых налогом операций, то налоговики вправе отказать в возмещении всего заявленного в декларации НДС (абз. 6 п. 4 ст. 170 НК РФ, Определение ВС РФ от 21 июня 2016 г. № 301-КГ16-7271¹).

Исходя из материалов дела, ООО "К" (далее – Общество) подало в налоговую инспекцию уточненную налоговую декларацию. В ней было заявлено возмещение НДС из бюджета. Налоговики по результатам камеральной проверки отказались возместить всю сумму налога. Общество не согласилось с решением инспекции и обжаловало его в арбитражный суд, попросив возместить НДС хотя бы частично. Оно мотивировало свою позицию тем, что основная часть "входного" НДС относится к товарам, работам и услугам, которые использованы в деятельности облагаемой НДС. Судьи, рассмотрев дело, поддержали позицию налоговиков. Они указали, что суммы "входного" НДС, относящегося к облагаемым и не облагаемым налогам операциям, учитываются отдельно. Они относятся либо к возмещению, либо учитываются в составе затрат. Суммы НДС, относящегося к общим расходам, принимаются к вычету, либо относятся на себестоимость, в той пропорции, в которой они используются для операций подлежащих или не подлежащих налогообложению (абз. 4 п. 4 ст. 170 НК РФ). Пропорция определяется исходя из стоимости облагаемых и не облагаемых НДС отгруженных товаров, выполненных работ, оказанных услуг, переданных имущественных прав, в общей их стоимости (п. 4.1 ст. 170 НК РФ).

Отметим, что при отсутствии раздельного учета всю сумму "входного" НДС не принятого к вычету нельзя принять в состав затрат при исчислении налога на прибыль организаций (абз. 6 п. 4 ст. 170 НК РФ). Налогоплательщик имеет право не вести раздельный учет только в случае если доля совокупных расходов на проведение не облагаемых НДС операций не превышает 5% от общей величины совокупных расходов (абз. 7 п. 4 ст. 170 НК РФ).