Минфин России больше не контролирует соблюдение таможенными органами порядка исчисления и взимания таможенных платежей, определения таможенной стоимости товаров.
Максимальные размеры банковских гарантий уплаты таможенных платежей определяются Министерством по согласованию с ФТС России (ранее это не требовалось).
От Минфина к ФТС России переданы полномочия по утверждению формы и порядка использования таможенного приходного ордера, формы акта о результатах совместной выверки расходования денежных средств плательщика, внесенных таможенному органу на счет Федерального казначейства. Служба также определяет формы требования об уплате таможенных платежей и решения о взыскании денежных средств в бесспорном порядке.
Кроме того, с 1 октября 2009 г. вступил в силу ряд изменений в Таможенный кодекс РФ. Так, был введен новый способ обеспечения уплаты таможенных платежей - арест имущества. Установлено, что формы постановлений о наложении ареста и о его отмене, протокола об аресте утверждает ФТС России.
ФТС России также уполномочена утверждать образцы акцизных марок на алкоголь, в том числе реквизиты и элементы их защиты. Ранее это относилось к компетенции Министерства экономического развития и торговли РФ (впоследствии преобразовано в Министерство экономического развития РФ).
Служба также утверждает формы ряда других документов (в частности, квитанции, удостоверяющей принятие товаров на СВХ, акта о рассмотрении жалобы в упрощенном порядке, свидетельства о завершении внутреннего таможенного транзита, разрешения на переработку товаров).
Руководитель ФТС России наделен дополнительными полномочиями. Он утверждает типовую форму контракта о службе в таможенных органах и порядок его заключения. Также он устанавливает порядок присвоения первого специального звания сотруднику таможенного органа, назначенному на должность среднего или старшего начальствующего состава, и очередных специальных званий от майора до полковника таможенной службы.