На Росздравнадзор возложено лицензирование медицинской деятельности, осуществляемой организациями государственной системы здравоохранения, деятельности по оказанию высокотехнологичной медицинской помощи, осуществляемой организациями муниципальной и частной систем здравоохранения, а также деятельности, связанной с оборотом наркотических средств и психотропных веществ, внесенных в списки I-III, осуществляемой организациями оптовой торговли лекарственными средствами и аптеками федеральных организаций здравоохранения.
Росздравнадзор также осуществляет лицензирование деятельности организаций оптовой торговли лекарственными средствами, предназначенными для медицинского применения, и аптек федеральных организаций здравоохранения. Лицензирование деятельности, осуществляемой организациями в сфере обращения лекарственных средств, предназначенных для животных, отнесено к компетенции Россельхознадзора.
К полномочиям органов исполнительной власти субъектов РФ отнесено лицензирование: медицинской деятельности, осуществляемой организациями муниципальной и частной систем здравоохранения (за исключением деятельности по оказанию высокотехнологичной медицинской помощи); фармацевтической деятельности (кроме деятельности, лицензируемой Росздравнадзором и Россельхознадзором); деятельности, связанной с оборотом наркотических средств и психотропных веществ, внесенных в списки I-III (кроме деятельности, осуществляемой организациями оптовой торговли лекарственными средствами и аптеками федеральных организаций здравоохранения). Минздравсоцразвития России разрабатывает проекты положений о лицензировании этих видов деятельности.
Ведение единого реестра лицензий, в том числе выданных органами исполнительной власти субъектов РФ, возложено на Росздравнадзор.
Кроме того, с 1 января 2009 года расширяется перечень работ (услуг) при осуществлении медицинской деятельности.