Минфин России разъяснил, что в отношении организаций, которым открыты лицевые счета в органах Федерального казначейства (иных органах, осуществляющих открытие и ведение лицевых счетов), взыскание налогов, сборов, пеней и штрафов может производиться только в судебном порядке. В случае неуплаты или неполной уплаты налогов, сборов, соответствующих пеней и штрафов указанными организациями налоговые органы вправе предъявлять в арбитражные суды иски о взыскании недоимки, пеней и штрафов за налоговые правонарушения. Взыскание налоговых санкций с организаций, которым открыты лицевые счета, производится в порядке, установленном бюджетным законодательством РФ, на основании вступивших в законную силу решений судов.
По вопросу налогообложения доходов, получаемых бюджетными учреждениями от сдачи в аренду имущества, находящегося в федеральной собственности и переданного им в оперативное управление, Минфин России пояснил, что в настоящее время разрабатывается механизм, обеспечивающий реализацию положений бюджетного законодательства РФ и законодательства РФ о налогах и сборах в части налогообложения указанных доходов. Впредь до разработки такого механизма самостоятельное исполнение бюджетными учреждениями обязанности по уплате налога на прибыль организаций по указанным доходам представляется затруднительным.