Федеральная налоговая служба, рассмотрев обращение, сообщает следующее.

Согласно подпункту 33 пункта 1 статьи 251 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - НК РФ) при определении налоговой базы по налогу на прибыль организаций не учитываются доходы судовладельцев, полученные от эксплуатации и (или) реализации судов, зарегистрированных в Российском открытом реестре судов лицами, получившими статус участника специального административного района в соответствии с Федеральным законом от 03.08.2018 N 291-ФЗ "О специальных административных районах на территориях Калининградской области и Приморского края", или в Российском международном реестре судов (далее - реестры).

Для целей главы 25 "Налог на прибыль организаций" НК РФ под эксплуатацией судов, зарегистрированных в Российском открытом реестре судов лицами, получившими статус участника специального административного района в соответствии с Федеральным законом от 03.08.2018 N 291-ФЗ "О специальных административных районах на территориях Калининградской области и Приморского края", или в Российском международном реестре судов, понимается использование таких судов для перевозок грузов, пассажиров и их багажа и оказания иных связанных с осуществлением указанных перевозок услуг при условии, что пункт отправления и (или) пункт назначения расположены за пределами территории Российской Федерации, а также сдача таких судов в аренду для оказания таких услуг.

В соответствии с пунктом 48.5 статьи 270 НК РФ к расходам, не учитываемым в целях налогообложения прибыли организаций, относятся расходы судовладельцев, связанные с получением доходов, указанных, в частности, в подпункте 33 пункта 1 статьи 251 НК РФ.

Перечень расходов, указанных в пункте 48.5 статьи 270 НК РФ, не конкретизирован и является открытым.

Минфин России в письмах от 08.10.2020 N 03-03-06/1/88088 и от 25.09.2020 N 03-03-07/84021 указал, что под действие положений пункта 48.5 статьи 270 НК РФ также подпадают расходы судовладельцев по содержанию (включая ремонт) судов, зарегистрированных в реестрах, без несения которых эксплуатация таких судов невозможна.

При этом абзацем 4 пункта 1 статьи 272 НК РФ установлено, что расходы налогоплательщика, которые не могут быть непосредственно отнесены на затраты по конкретному виду деятельности, распределяются пропорционально доле соответствующего дохода в суммарном объеме всех доходов налогоплательщика.

Таким образом, учитывая, что без несения судовладельцем расходов по содержанию (включая ремонт) судов, зарегистрированных в реестрах, эксплуатация таких судов невозможна, указанные выше расходы в отношении упомянутых судов, используемых в деятельности, как указанной, так и не указанной, в частности, в подпункте 33 пункта 1 статьи 251 НК РФ, подлежат распределению в пропорции в соответствии с положениями абзаца 4 пункта 1 статьи 272 НК РФ.

Одновременно ФНС России обращает внимание, что правильность исчисления и уплаты налогов, исходя из фактических обстоятельств, проверяется налоговым органом в рамках мероприятий налогового контроля в порядке, предусмотренном НК РФ.