Федеральная налоговая служба рассмотрела письмо, касающееся применения налога на добавленную стоимость (далее - НДС) организациями, выполняющими работы в рамках опытно-конструкторской работы по разработке конструкции инженерного объекта или технической системы, и сообщает следующее.

В соответствии с подпунктом 16.1 пункта 3 статьи 149 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) от налогообложения НДС на территории Российской Федерации освобождается выполнение организациями научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ (далее - НИОКР) и технологических работ, относящихся к созданию новых продукции и технологий или к усовершенствованию производимой продукции и технологий, если в состав научно-исследовательских, опытно-конструкторских работ и технологических работ включаются, указанные в данном подпункте виды деятельности, в том числе, разработка конструкции инженерного объекта или технической системы.

Освобождение от налогообложения НДС вышеуказанных НИОКР и технологических работ применяется организациями (исполнителями) независимо от источника финансирования этих работ, при условии, что в состав таких работ включаются виды деятельности, поименованные в подпункте 16.1 пункта 3 статьи 149 Кодекса. При выполнении иных работ указанное освобождение не применяется.

Одновременно, ФНС России отмечает, что согласно подпункту 16 пункта 3 статьи 149 Кодекса от налогообложения НДС на территории Российской Федерации освобождается выполнение НИОКР, осуществляемых за счет средств бюджетов, а также средств Российского фонда фундаментальных исследований, Российского фонда технологического развития и образуемых для этих целей в соответствии с законодательством Российской Федерации внебюджетных фондов министерств, ведомств, ассоциаций (далее - фонды).

В связи с этим, если оплата НИОКР производится за счет средств бюджетов либо вышеуказанных фондов, то освобождение от НДС применяется как исполнителями, так и соисполнителями этих работ.

Учитывая изложенное, в случае финансирования НИОКР по разработке конструкции инженерного объекта или технической системы за счет средств федерального бюджета организации-исполнители и соисполнители указанных работ вправе применить освобождение, предусмотренное подпунктом 16 пункта 3 статьи 149 Кодекса. При этом соисполнителями могут выполняться как НИОКР, так и другие работы, которые являются составной и неотъемлемой частью НИОКР (их отдельным этапом или элементом) в рамках основного договора исполнителя.

Основанием для освобождения от НДС НИОКР, выполняемых за счет средств федерального бюджета, могут являться любые документы, подтверждающие факт выполнения указанных работ, в том числе договор на выполнение работ с указанием источника финансирования, а также письменное уведомление (справка) заказчика, которому выделены средства непосредственно из федерального бюджета, в адрес исполнителей и соисполнителей о выделенных ему бюджетных средствах на оплату указанных работ.

Одновременно обращаем внимание, что согласно пункту 5 статьи 149 Кодекса налогоплательщик, осуществляющий операции по реализации товаров (работ, услуг), предусмотренные пунктом 3 статьи 149 Кодекса, в том числе по выполнению вышеуказанных НИОКР и технологических работ, вправе отказаться от освобождения таких операций от налогообложения НДС, представив соответствующее заявление в налоговый орган по месту учета в срок не позднее 1-го числа налогового периода, с которого налогоплательщик намерен отказаться от освобождения или приостановить его использование. В этом случае НДС исчисляется и уплачивается налогоплательщиком в федеральный бюджет в общеустановленном порядке.