Федеральная налоговая служба рассмотрела письмо и по вопросу уплаты налога на доходы физических лиц сообщает следующее.

Согласно пункту 2 статьи 223 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) при получении дохода в виде оплаты труда датой фактического получения налогоплательщиком такого дохода признается последний день месяца, за который ему был начислен доход за выполненные трудовые обязанности в соответствии с трудовым договором (контрактом).

Налоговые агенты в соответствии с пунктом 4 статьи 226 Кодекса обязаны удержать начисленную сумму налога непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате с учетом особенностей, установленных пунктом 4 статьи 226 Кодекса.

В соответствии с пунктом 6 статьи 226 Кодекса налоговые агенты обязаны перечислять суммы исчисленного и удержанного налога не позднее дня, следующего за днем выплаты налогоплательщику дохода.

Таким образом, налоговый агент производит исчисление, удержание и перечисление в бюджет налога на доходы физических лиц с заработной платы (в том числе за первую половину месяца) один раз в месяц при окончательном расчете дохода работника по итогам каждого месяца, за который был начислен доход, в сроки, установленные в пункте 6 статьи 226 Кодекса.

Минфин России в письме от 27.10.2015 № 03-04-07/61550 изложил аналогичную позицию по данному вопросу.

Следовательно, организация - налоговый агент не обязана удерживать и перечислять налог на доходы физических лиц при выплате аванса.