Письмо Федеральной налоговой службы от 20 октября 2025 г. N СД-4-3/9400@ О специальном порядке налогообложения прибыли для участников проекта "Сколково"

ФНС России, рассмотрев запрос УФНС России, сообщает следующее.

Из запроса следует, что организация на начало 2024 года одновременно выполняла условия для применения налоговой ставки в размере 0 процентов по налогу на прибыль организаций, предусмотренные пунктом 5.1 статьи 284 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) для участников проекта "Сколково", а также условия, установленные пунктом 1.15 статьи 284 Кодекса для организаций, осуществляющих деятельность в области информационных технологий. При этом с начала 2024 года организация применяла налоговую ставку в размере 0 процентов как участник проекта "Сколково", однако в течение того же года ее совокупный размер прибыли превысил 300 млн рублей, что повлекло утрату права на применение данной льготы.

УФНС России по г. Москве просит разъяснить, вправе ли организация, утратившая в течение 2024 года право на применение налоговой ставки в размере 0 процентов как участник проекта "Сколково" из-за превышения совокупного размера прибыли, с первого дня налогового периода 2024 года применять налоговую ставку в размере 0 процентов, предусмотренную пунктом 1.15 статьи 284 Кодекса для организаций, осуществляющих деятельность в области информационных технологий.

В соответствии с пунктом 5.1 статьи 284 Кодекса прибыль, полученная организацией, получившей статус участника проекта по осуществлению исследований, разработок и коммерциализации их результатов в соответствии с Федеральным законом от 28.09.2010 N 244-ФЗ "Об инновационном центре "Сколково" (далее - участник проекта "Сколково"), облагается налогом на прибыль организаций по налоговой ставке 0 процентов в отношении прибыли, полученной после прекращения использования участником проекта права на освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика в соответствии с абзацем третьим пункта 2 статьи 246.1 Кодекса.

При этом в налоговом периоде, в котором совокупный размер прибыли, полученной участником проекта "Сколково" нарастающим итогом начиная с 1-го числа года, в котором участник проекта "Сколково" прекратил использование права на освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика в соответствии с абзацем третьим пункта 2 статьи 246.1 Кодекса, превысил 300 миллионов рублей и (или) в котором участник проекта утратил статус участника проекта "Сколково", полученная таким участником проекта "Сколково" прибыль подлежит налогообложению по налоговой ставке, установленной пунктом 1 статьи 284 Кодекса, с начислением пеней за несвоевременную уплату налога на прибыль организаций и авансовых платежей по нему.

Таким образом, пунктом 5.1 статьи 284 Кодекса для участников проекта "Сколково" установлен специальный порядок налогообложения прибыли организаций, в рамках которого в периоде, в котором совокупный размер прибыли, полученной участником проекта "Сколково" нарастающим итогом начиная с 1-го числа года, в котором участник проекта "Сколково" прекратил использование права на освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика в соответствии с абзацем третьим пункта 2 статьи 246.1 Кодекса, превысил 300 миллионов рублей, полученная таким участником проекта "Сколково" прибыль подлежит налогообложению по налоговой ставке, установленной пунктом 1 статьи 284 Кодекса, с начислением пеней за несвоевременную уплату налога на прибыль организаций и авансовых платежей по нему. Аналогичная позиция выражена в письмах Минфина России от 20.06.2023 N 03-03-06/1/56962, от 12.08.2025 N 03-03-06/1/78068.

С учетом изложенного, по мнению ФНС России, организация, утратившая в течение 2024 года право на применение налоговой ставки в размере 0 процентов как участник проекта "Сколково" из-за превышения совокупного размера прибыли, не вправе с первого дня налогового периода 2024 года применять налоговую ставку в размере 0 процентов, предусмотренную пунктом 1.15 статьи 284 Кодекса для организаций, осуществляющих деятельность в области информационных технологий.