В НК РФ внесены поправки, призванные облегчить налоговое бремя для участников специальных инвестиционных проектов (Федеральный закон от 23 мая 2016 г. № 144-ФЗ). Так, эти налогоплательщики получили право на так называемую "дедушкину оговорку", то есть возможность обезопасить себя от неблагоприятных изменений налогового законодательства. Установлено, что изменения налоговых ставок, льгот, а также порядка исчисления и порядка и сроков уплаты налогов, ухудшающие положение этих предпринимателей, не применяются до наступления наиболее ранней из следующих дат:

• даты окончания срока действия специального инвестиционного контракта;
• даты окончания срока действия налоговый условий, установленных на день заключения контракта (если конкретное положение НК РФ носило временный характер).

Также уточнен порядок налогообложения при реализации региональных инвестиционных проектов (гл. 3.3 НК РФ). Так, для целей признания проекта региональным инвестиционным исключено требование о том, что на земельных участках, на которых предполагается реализация проекта, не должны располагаться здания и сооружения, находящиеся в собственности третьих лиц (подп. 3 п. 1 ст. 25.8 НК РФ утратит силу). Кроме того, организации, претендующей на статус участника регионального инвестиционного проекта, не нужно будет иметь в собственности (в аренде на срок не менее чем до 1 января 2024 года) земельный участок, на котором планируется реализация регионального инвестиционного проекта и разрешение на строительство (подп. 7-8 ст. 25.9 НК РФ перестанут действовать). Такой статус смогут приобрести и резиденты особых экономических зон, тогда как сегодня это запрещено (подп. 9 ст. 25.9 НК РФ).

Участниками региональных инвестиционных проектов по новым правилам будут признаваться также участники специальных инвестиционных контрактов, заключаемых от имени Российской Федерации Минпромторгом России (постановление Правительства РФ от 16 июля 2015 г. № 708 "О специальных инвестиционных контрактах для отдельных отраслей промышленности").

Регионы получили право устанавливать для таких налогоплательщиков льготы по налогу на прибыль в виде сниженной (в размере не более чем 10%) ставки в части поступлений в бюджеты субъектов РФ. Такая ставка будет действовать начиная с налогового периода, в котором признаны первые доходы от реализации проекта (но не позднее пяти лет с даты включения в реестр участников проектов), и заканчивая отчетным (налоговым) периодом, в котором разница между суммой налога, исчисленного без использования льготных ставок и с ними, сравняется с величиной капитальных вложений.

Уточняются и основания для прекращения применения налоговых льгот в отношении налогоплательщиков, для которых включение в реестр участников региональных инвестиционных проектов не требуется, – в частности, льгота прекратит свое действие, если по итогам налоговой проверки будут выявлены нарушения (к примеру, у медицинской организации аннулирована лицензия или в ее штате числится менее 15 человек, то есть не соблюдаются требования п. 3 ст. 284.1 НК РФ).