AlexPilipenko / Depositphotos.com

Налоговым законодательством установлено, что если налогоплательщик применяет УСН, выбрав в качестве объекта налогообложения доходы, то по итогам каждого отчетного периода он исчисляет сумму авансового платежа, исходя из ставки налога и фактически полученных доходов. Те, в свою очередь, рассчитываются нарастающим итогом с начала налогового периода до окончания соответственно первого квартала, полугодия, девяти месяцев с учетом ранее исчисленных сумм авансовых платежей (п. 3 ст. 346.2 Налогового кодекса). Ранее исчисленные суммы авансовых платежей по налогу засчитываются при исчислении сумм авансовых платежей по налогу за отчетный период и суммы налога за налоговый период (п. 5 ст. 346.12 НК РФ).

Если уплатить авансовые платежи позже установленного срока (25 числа первого месяца, следующего за истекшим отчетным периодом), то на несвоевременно уплаченную сумму будут начисляться пени (п. 7 ст. 346.12, п. 3 ст. 58 НК РФ).

При этом Высший Арбитражный Суда РФ разъяснял, что порядок исчисления указанных пеней не ставится в зависимость от того, уплачиваются ли они в течение или по итогам отчетного периода, исчисляются ли они на основе налоговой базы, отражающей реальные финансовые результаты налогоплательщика (постановление Пленума ВАС РФ от 30 июля 2013 г. № 57).

Поэтому, если по итогам налогового периода сумма исчисленного налога оказалась меньше суммы авансовых платежей, подлежавших уплате в течение этого налогового периода, то пени, начисленные за неуплату таких авансовых платежей, подлежат соразмерному уменьшению.
Как поясняет ФНС России, такую позицию судов можно применять и в отношении авансовых платежей по УСН, если по итогам налогового периода сумма налога, подлежащая уплате за налоговый период (исчисленная сумма налога, уменьшенная на уплаченную сумму страховых взносов и торгового сбора), оказалась меньше суммы авансовых платежей по налогу, подлежавших уплате в течение налогового периода (письмо ФНС России от 13 января 2020 г. № СД-4-3/101@).