Решение будет вынесено на основании спора между налоговиками и ООО, являющимся резидентом ОЭЗ в Калининградской области.  Судебные разбирательства между ними начались в 2014 году, когда инспекция после выездной проверки доначислила 110 млн руб. налога на прибыль и 6,4 млн руб. налога на имущество плюс пени. ООО подало на это решение в Арбитражный суд Калининградской области (дело № А21–7635/2014 от 4 сентября 2014 года), который признал доначисление налогов незаконным. Налоговая инспекция оспорило такую позицию дважды - в апелляции и кассации: Тринадцатый арбитражный апелляционный суд Калининграда (дело № А21–7635/2014 от 17 октября 2014 года) и Арбитражный суд Северо-Западного округа (дело № А21–7635/2014 от 22 декабря 2014 года)  также поддержали ООО, посчитав доначисление налогов незаконным.

Не согласившись с принятыми по делу судебными актами в части признания решения инспекции недействительным по эпизоду доначисления налога на имущество и соответствующих сумм пени, налоговый орган обратился с кассационной жалобой в ВС РФ.

Основанием для обжалования послужил вывод налогового органа о том, что ООО необоснованно применяло в 2012 году нулевую процентную ставку по налогу на имущество в ходе деятельности, связанной с реализацией инвестиционного проекта. В соответствии с законодательством резидент Калининградской ОЭЗ может применять льготную ставку в течение первых шести календарных лет, начиная со дня включения юрлица в реестр резидентов ОЭЗ (п. 3 ст. 385.1 НК РФ). ООО стало резидентом в 2006 году, следовательно в 2012 году нулевой ставкой по налогу на имущество ему уже нельзя было воспользоваться. На это и обратили внимание налоговики.

Суды в апелляции и кассации не согласились с налоговой инспекцией, исходя из того, что по налогу на прибыль льготная ставка считается, начиная с 1 января года, следующего за годом включения юрлица в реестр резидентов ОЭЗ в Калининградской области (подп. 1 ст. 1 Федерального закона от 29 июня 2015 г. № 178-ФЗ "О внесении изменений в статью 288.1 части второй Налогового кодекса Российской Федерации"). Из этого положения судьи сделали вывод, что такое же правило можно применить и в части налога на имущество, а следовательно 2012 год является шестым периодом применения нулевой процентной ставки ООО.

Налоговая инспекция, в свою очередь, оспаривая такое решение, сослалась на действующие нормы налогового законодательства, в соответствии с которыми льгота по налогу на имущество считается, начиная с года, когда ООО вошло в реестр резидентов ОЭЗ (п. 3 ст. 385.1 НК РФ). А начиная с седьмого по двенадцатый календарный год включительно  ставка по налогу на имущество составляет величину, установленную законом Калининградской области и уменьшенную на 50% (п. 4 ст.385.1 НК РФ).

Налоговый орган также отметил, что законодательство было изменено только в отношении налога на прибыль резидентов Калининградской ОЭЗ, а налог на имущество по-прежнему регулируется нормами НК РФ.

Отметим, что налогоплательщик вправе приостанавливать действие льготы на один или несколько налоговых периодов (п. 2 ст.56 НК РФ). Однако, по мнению налогового органа, в данном случае это право не применимо, поскольку в НК РФ четко определены периоды, в которые налогоплательщик вправе применить пониженные налоговые ставки и период, с которого данное право прекращается (ст. 385.1 НК РФ).

ВС РФ, изучив представленные в кассационной жалобе доводы налоговиков, определил передать ее для рассмотрения в судебном заседании Судебной коллегии по экономическим спорам ВС РФ (дело № 307-КГ16-7941 от 14 сентября 2016 года).