В связи с тем, что Минздравсоцразвития России было разделено на два министерства, изменились полномочия подведомственных им служб и агентств. В частности, скорректированы функции ФМБА России и Росздравнадзора, находящихся в ведении вновь образованного Минздрава России.

Так, постановлением Правительства РФ от 19 июня 2012 г. № 609 из полномочий ФМБА России исключено оказание госуслуг в сфере социального развития. Оно более не занимается предоставлением соцгарантий социально незащищенным категориям граждан.

Уточнено, что агентство проводит медико-социальную экспертизу только работников отдельных отраслей экономики с особо опасными условиями труда, а также населения определенных территорий, перечень которых устанавливается правительством.

Постановлением Правительства РФ от 19 июня 2012 г. № 614 внесены изменения в положение о Росздравнадзоре. В частности, из названия службы исключены слова "социального развития". Теперь она называется Федеральной службой по надзору в сфере здравоохранения. Скорректированы полномочия ведомства. Отныне оно не будет осуществлять надзор за соблюдением госстандартов соцобслуживания, порядком установления степени утраты профессиональной трудоспособности в результате несчастных случаев на производстве и профзаболеваний. Также Росздравнадзор теперь не будет контролировать деятельность органов опеки и попечительства в отношении совершеннолетних недееспособных или не полностью дееспособных граждан.