Согласно Положению, утвержденному постановлением Правительства РФ от 17 мая 2010 г. № 351, контроль и мониторинг реализации проектов, получивших бюджетные ассигнования Инвестиционного фонда РФ, обязателен для всех участников. Мероприятия проводит Минрегионразвития России в соответствии с утвержденными планами и графиками.

В ходе контроля и мониторинга отслеживаются расходование средств, предусмотренных паспортами проектов, своевременность и полнота выполнения работ, риски, влияющие на возможность реализации проектов в установленные сроки, достигнутые результаты и др. Отчеты о проведенных проверках публикуются для всеобщего доступа в сети Интернет.