В настоящее время Московский гарнизонный военный суд рассматривает уголовное дело в отношении бывшего генерал-майора запаса Н. Конона и начальников отделов этого института полковника Р. Мухудинова и подполковника В. Говоркова. Данное дело было возбуждено по материалам проверки, проведенной Главной военной прокуратурой. 

Офицеры обвиняются по ч.4 ст.159 УК РФ (мошенничество, совершенное организованной группой, в особо крупном размере) и ч.1 ст.286 УК РФ (превышение должностных полномочий). 

По версии следствия, указанные лица в 2003-2007 гг. заключали фиктивные договоры на научно-исследовательские работы с несуществующими фирмами и временными трудовыми коллективами, после чего присваивали денежные средства, выделенные на их оплату. Сумма ущерба, причиненного государству, составила около 24 миллионов рублей. Полученные в результате своей противоправной деятельности доходы Конон, Мухудинов и Говорков потратили на личные нужды. 

По ходатайству государственного обвинителя Московский гарнизонный военный суд 21 января 2009 г. заключил под стражу генерал-майора запаса Н. Конона. Такое решение было обусловлено тем, что подсудимый нарушил данную им подписку о невыезде и надлежащем поведении, а также пытался воздействовать на других участников процесса с целью воспрепятствовать осуществлению правосудия. 

Подсудимые Р. Мухудинов и В. Говорков находятся под подпиской о невыезде.