В ходе проверки выявлены нарушения требований налогового законодательства,  законодательства о государственной собственности, о размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ и оказание услуг для государственных нужд, а также законодательства о государственной гражданской службе.

Установлено, что при наличии в Южном федеральном округе задолженности по налогам и сборам в размере около 43 млрд руб. территориальные управления ФНС России не осуществляют надлежащим образом деятельность по обеспечению правильности исчисления, полноты и своевременности внесения в соответствующие бюджеты налогов и сборов. При этом должный контроль за их работой со стороны Межрегиональной инспекции отсутствует, а проводимые ею проверки неэффективны, что подтверждается растущей задолженностью по налогам и сборам.

Также инспекцией не проводится анализ схем уклонения от налогообложения, не готовятся предложения по выявлению, пресечению и их предупреждению.

Выявлены нарушения законодательства о государственной гражданской службе. Проверки сведений о доходах, об имуществе и обязательствах имущественного характера служащих территориальных управлений ФНС России проводятся должностными лицами Межрегиональной инспекции неэффективно и без соблюдения существенных требований федерального законодательства.

В связи с этим заместителем Генерального прокурора Российской Федерации И. Сыдоруком внесено представление на имя руководителя Федеральной налоговой службы об устранении выявленных нарушений законодательства.