Агентство будет выполнять функции по реализации государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере рыболовства, производственной деятельности на судах рыбопромыслового флота, охраны, рационального использования, изучения, сохранения, воспроизводства водных биологических ресурсов и среды их обитания, по контролю и надзору за водными биологическими ресурсами и средой их обитания во внутренних водах РФ, а также по оказанию государственных услуг, управлению государственным имуществом в сфере рыбохозяйственной деятельности, охраны, рационального использования, изучения, сохранения, воспроизводства водных биологических ресурсов и среды их обитания, а также рыбоводства (за исключением промышленного рыбоводства), рыбопереработки, обеспечения безопасности мореплавания и аварийно-спасательных работ в районах промысла, производственной деятельности на судах рыбопромыслового флота и в морских портах в части, касающейся обслуживания судов рыбопромыслового флота.

Ведомство подчиняется Правительству РФ.

Кроме того, указом  внесены изменения в Указ Президента Российской Федерации от 12 мая 2008 г. № 724.

Указ вступает в силу со дня его официального опубликования.