Проект Приказа Министерства сельского хозяйства Российской Федерации "Об утверждении Формы отчета о результатах проведения молекулярной генетической экспертизы" (подготовлен Минсельхозом России 29.07.2025)

Досье на проект

В соответствии с пунктом 3 Правил предоставления и распределения субсидий из федерального бюджета бюджетам субъектов Российской Федерации на реализацию мероприятий по развитию геномной селекции в области племенного животноводства, приведенных в приложении N 23 к Государственной программе развития сельского хозяйства и регулирования рынков сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия, утвержденной постановлением Правительства Российской Федерации от 14 июля 2012 г. N 717, приказываю:

утвердить Форму отчета о результатах проведения молекулярной генетической экспертизы согласно приложению к настоящему приказу.

Утверждена
приказом Минсельхоза России
от _________ 2025 г. N _______

Форма

ОТЧЕТ
о результатах проведения молекулярной генетической экспертизы

1. Отчет о результатах проведения молекулярной генетической экспертизы должен включать:

реестр генетических паспортов (сертификатов) животных;

генетические паспорта (сертификаты).

2. Применяется следующая форма Реестра генетических паспортов (сертификатов) животных:

________________________________________________________________

(Наименование, ИНН организации, выдавшей генетический паспорт (сертификат))

3. Генетические паспорта (сертификаты) должны содержать следующие данные: RuID, инвентарный номер, наименование племенного хозяйства, пол, дата рождения, данные о родословной, также результаты молекулярно-генетической экспертизы:

- информация об определении статуса подтверждения происхождения, с указанием способа подтверждения;

- информация о наличии или отсутствии у животных генетически детерминированных заболеваний и носительства аномальных аллелей;

- результаты анализа локусов генома, ассоциированных с хозяйственно-полезными признаками.

Генетическим паспорта должны прилагаться в электронном виде в формате .pdf с подписью и печатью организации, их выдавшей.

4. Подтверждение происхождения осуществляется с использованием 195 маркеров (SNP), рекомендованных международным сообществом ICAR, согласно соответствующим директивам (ICAR Guidelines for Parentage Verification and Parentage Discovery Based on SNP Genotypes), и/или также c микросателлитными маркерами на основе мультиплексного ПЦР-анализа 12-ти локусов, содержащих короткие тандемные повторы (STR): BM1818, BM1824, BM2113, ETH3, ETH10, ETH225, INRA023, SPS115, TGLA53,TGLA122, TGLA126, TGLA227 - стандартную панель маркеров, рекомендованную Международным Обществом Генетики Животных (International Society of Animal Genetics - ISAG).

Результаты подтверждения происхождения прилагаются по каждому животному отдельно в электронном виде в формате PDF.

Допускается использование одного из двух вариантов:

формат результатов подтверждения происхождения по отцу и матери с использованием STR маркеров;

формат результатов подтверждения происхождения по отцу и матери с использованием SNP маркеров.

5. Результаты исследований на генетические аномалии и хозяйственно-полезные признаки оформляются в табличной форме с возможностью последующей верификации по исходным лабораторным отчетам (генетическим сертификатам).

6. Результаты выходных данных (сырых данных) платформ генотипирования Illumina и Thermo Fisher должны соответствовать требованиям к выходным данным (сырым данным) платформ генотипирования Illumina и Thermo Fisher.

В целях проведения молекулярной генетической экспертизы результаты генотипирования, полученные с использованием платформ Illumina и Thermo Fisher, должны быть представлены в виде отдельных файлов для каждого животного. Каждый файл должен содержать не менее 50 000 SNP, равномерно распределённых по всему геному.

Форматы данных, представляемые по каждой платформе, а также перечень обязательных столбцов и требований к ним, приведены ниже:

6.1. Платформа Illumina.

Допустимые форматы: .gtc (в бинарном виде), .txt, .csv, .vcf. Рекомендуется предоставление декодированных табличных форматов .txt или .csv.

Файл должен включать следующие столбцы:

Все генотипы должны быть приведены по плюс-цепи (plus strand) для обеспечения возможности проверки происхождения животных с использованием SNP или STR-маркеров.

6.2. Платформа Thermo Fisher (Axiom, GeneTitan).

Допустимые форматы: .txt, .csv, .vcf, при необходимости - исходный формат .CEL (при условии предоставления инструментов расшифровки).

Файл должен включать следующие столбцы:

Рекомендуется использование .txt или .csv файлов с табличной структурой (одна строка - один SNP).

7. Все файлы должны быть размещены в папке raw_data/ внутри отчётного пакета.

Наименование файлов должны соответствовать следующему шаблону: <ID_животного>_<дата-анализа>.txt, например: 123456_20250701.txt.

Файлы должны быть структурированы по принципу: одна строка - один SNP.

В качестве разделителя используется запятая (для CSV) или символ табуляции (для TSV).

Обязательным является соответствие идентификаторов животных (Sample_ID) идентификаторам, указанным в сводной таблице (summary.xlsx).

Допускается предоставление архивов формата .zip при передаче больших массивов данных.

8. Выходные данные (сырые данные) микросателлитного (STR) анализа используются для животных или предков без данных SNP.

В случае проведения подтверждения происхождения по STR-маркерам предоставляется отдельный файл или таблица с результатами анализа по каждому животному.

Минимальный перечень STR-маркеров: BM1818, BM1824, BM2113, ETH3, ETH10, ETH225, INRA023, SPS115, TGLA53, TGLA122, TGLA126, TGLA227.

Результат исследования прилагается в электронном виде в формате Excel с содержанием следующей информации: