ФНС России в целях повышения эффективности администрирования НДС, при одновременном сокращении объема истребуемых у налогоплательщиков документов, направляет рекомендации по проведению с применением риск-ориентированного подхода камеральных налоговых проверок налоговых деклараций по НДС, в которых отражены операции, не подлежащие (освобождаемые от налогообложения) налогообложению НДС в соответствии с пунктами 2 и 3 статьи 149 Кодекса и подпадающие под понятие налоговая льгота с учетом пункта 1 статьи 56 Кодекса и позиции Пленума ВАС РФ «О некоторых вопросах, возникающих у арбитражных судов при рассмотрении дел, связанных с взиманием налога на добавленную стоимость», изложенной в пункте 14 Постановления от 30 мая 2014 г. № 33 (далее - налоговая льгота).

При проведении камеральных налоговых проверок целесообразно учитывать совокупность следующих факторов:

- уровень налогового риска, присвоенного Системой управления рисками АСК «НДС-2» (далее - СУР),

- результат предыдущих камеральных налоговых проверок налоговых деклараций по НДС по вопросу правомерности применения налогоплательщиками налоговых льгот.

В соответствии с пунктом 6 статьи 88 Кодекса необходимо истребовать у проверяемого налогоплательщика пояснения об операциях (по каждому коду операций), по которым применены налоговые льготы (далее - Пояснения). Налогоплательщик вправе представить Пояснения в виде реестра подтверждающих документов (далее - Реестр), а также перечень и формы типовых договоров, применяемых налогоплательщиком при осуществлении операций по соответствующим кодам. Рекомендуемая форма Реестра приведена в приложении № 1 к настоящему письму.

На основании информации, содержащейся в представленном налогоплательщиком Реестре, налоговому органу в порядке статьи 93 Кодекса следует истребовать документы, подтверждающие обоснованность применения налоговых льгот. В целях настоящего письма под документами понимается комплект документов, подтверждающих обоснованность применения налоговых льгот по отдельным операциям (далее - Документы).

Объем подлежащих истребованию Документов определяется для каждого кода операции в соответствии с алгоритмом, изложенным в Приложении № 2 к настоящему письму. При этом, не менее 50% от объема Документов, подлежащих истребованию, должны подтверждать наиболее крупные суммы операций, по которым применены налоговые льготы.

При непредставлении налогоплательщиком Реестра, или при представлении Реестра не по рекомендуемой форме (в случае невозможности идентификации подтверждающих документов, невозможности их соотнесения с используемыми льготами, невозможности выполнения требований настоящего письма, не указания в реестре суммы операции), истребование Документов производится без использования риск-ориентированного подхода.

При наличии в налоговом органе сведений, свидетельствующих о возможном неправомерном применении льготы по отдельным операциям, налоговому органу необходимо истребовать документы, подтверждающие правомерность применения льгот по указанным операциям.

Управлениям Федеральной налоговой службы по субъектам Российской Федерации довести вышеизложенное до территориальных налоговых органов и обеспечить его исполнение.