Вопрос: АО (далее - Общество), в Уставе которого указано следующее: "Целью Общества является извлечение прибыли, осуществление научно-технической и иной деятельности..." (ОКВЭД компании: 72.19 "Научные исследования и разработки в области естественных и технических наук прочие"), просит разъяснить порядок применения п.п. 16 п. 3 и п.п. 16.1. п. 3 ст. 149 НК РФ:

В 2006 году Обществом, как научной организацией, в налоговый орган было подано заявление об отказе от применения освобождения от налога на добавленную стоимость по п.п. 16 п. 3 ст. 149 НК РФ с 01 апреля 2006 г. В этом же заявлении было указано, что возобновление применения данной льготы Общество сообщит дополнительным письмом. В настоящее время Общество не возобновило применение данной льготы.

В 1 квартале 2017 года, в связи с заключением контракта, в рамках которого будут выполняться работы, соответствующие работам, включенным в перечень работ п.п. 16.1. п. 3 ст. 149 НК РФ, Общество планирует применять освобождение от налогообложения в рамках указанного подпункта (п.п. 16.1. п. 3 ст. 149 НК РФ) при этом, не отменяя отказа от применения освобождения от налога на добавленную стоимость по п.п. 16 п. 3 ст. 149 НК РФ по контрактам с другими контрагентами на тот же самый перечень работ. Таким образом, Общество планирует применять одновременно отказ от освобождения от налога на добавленную стоимость по п.п. 16 п. 3 ст. 149 НК РФ и освобождение операций по п.п. 16.1. п. 3 ст. 149 НК РФ.

Просим подтвердить возможность одновременного применения обществом отказа от освобождения от налога на добавленную стоимость по п.п. 16 п. 3 ст. 149 НК РФ и освобождения операций по п.п. 16.1. п. 3 ст. 149 НК РФ.

Ответ: В связи с письмом по вопросу отказа от освобождения от налогообложения налогом на добавленную стоимость операций, предусмотренных пунктом 3 статьи 149 Налогового кодекса Российской Федерации, Департамент налоговой и таможенной политики сообщает следующее.

Согласно пункту 5 статьи 149 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налогоплательщик, осуществляющий операции по реализации товаров (работ, услуг), предусмотренные пунктом 3 данной статьи Кодекса, вправе отказаться от освобождения таких операций от налогообложения, представив соответствующее заявление в налоговый орган по месту своей регистрации в качестве налогоплательщика в срок не позднее 1-го числа налогового периода, с которого налогоплательщик намерен отказаться от освобождения или приостановить его использование. При этом такой отказ или приостановление возможен только в отношении всех осуществляемых налогоплательщиком операций, предусмотренных одним или несколькими подпунктами пункта 3 указанной статьи Кодекса.

Таким образом, налогоплательщик, осуществляющий операции, предусмотренные одним из подпунктов пункта 3 статьи 149 Кодекса, в котором перечислены несколько видов операций, и принимающий решение отказаться от освобождения одной из таких операций, обязан отказаться от освобождения и по другим операциям этого подпункта.

Соответственно, если налогоплательщик, осуществляющий операции, предусмотренные несколькими подпунктами пункта 3 статьи 149 Кодекса, в которых перечислены несколько видов операций, принимает решение отказаться от освобождения от налогообложения в отношении ряда операций по каждому такому подпункту, такой налогоплательщик обязан отказаться от освобождения по другим операциям этих подпунктов.

В случае если налогоплательщик осуществляет операции по реализации товаров (работ, услуг), предусмотренных разными подпунктами пункта 3 статьи 149 Кодекса, при принятии налогоплательщиком решения об отказе применять освобождение по всем операциям одного из подпунктов пункта 3 статьи 149 Кодекса, лишать данного налогоплательщика права на применение освобождения по другим подпунктам данного пункта статьи 149 Кодекса оснований не имеется.

Настоящее письмо не содержит правовых норм или общих правил, конкретизирующих нормативные предписания, и не является нормативным правовым актом. В соответствии с письмом Минфина России от 7 августа 2007 года N 03-02-07/2-138 направляемое письмо имеет информационно-разъяснительный характер по вопросам применения законодательства Российской Федерации о налогах и сборах и не препятствует руководствоваться нормами законодательства о налогах и сборах в понимании, отличающемся от трактовки, изложенной в настоящем письме.