Если гражданин предоставил юрлицу заем...
Как следует из письма, физлицо выдало организации заем.
Разъясняется, что денежные средства, получаемые этим гражданином сверх суммы займа, являются доходом (экономической выгодой). Они облагаются НДФЛ в общем порядке по ставке 13%.