Федеральной службе по труду и занятости передаются территориальные органы упраздненного Минтруда РФ по вопросам занятости населения, по государственному надзору и контролю за соблюдением законодательства РФ о труде и охране труда (государственные инспекции труда в субъектах РФ, межрегиональные государственные инспекции труда) и по урегулированию коллективных трудовых споров, а также центры занятости населения.
Федеральному агентству по здравоохранению и социальному развитию передаются находившиеся в ведении упраздненного Минтруда РФ остальные государственные учреждения и федеральные государственные унитарные предприятия.